治療には、下剤の摂取により便の排泄を試みたり、早期の治療には浣腸も含まれるが、 そういった状態が常態化すると、体がそれらの刺激で排泄をするのが当たり前になってしまい、 それらを欠かすとなおひどい便秘になる場合もある。
浣腸にはグリセリンなどが入っており、これらの直腸への刺激で排泄を促すものだが、 刺激が強く急激に催し、また悪寒や吐き気などといった症状を誘発させる場合もある。 グリセリン浣腸では、我慢しきれずすぐに出してしまうなど使い方が悪かった場合などには、 後述するような体質にも拠り、出し切ることができず不快感が残る場合もある。
完全に腸内の便を取り除くのを望む場合には、腸洗浄と呼ばれる処置もある。 こちらはぬるま湯（生理食塩水を使う場合もある）を注入、それらの湯と一緒に排出するが、 注入時に無理な圧力を掛けると直腸穿孔など負傷のおそれもある。したがって専用の器具が利用され、 また市販もされているが、基本的には専門の医師などの指導が必要といえる。
また、こちらは専用の器具や温度管理などで手間が掛かるが、注入量が多く刺激が少ないため、 腹痛などの問題がおきにくいなどの体験談も聞かれる。
家庭で出来る常習性便秘の養成法
原因のはっきりしているものは、それに合った治療をするが、常習性便秘の養成法は以下の通り。1. 毎日一回、決まった時間にトイレに行く習慣をつける。便意がなくても、朝に一度はトイレ 必ず行き、排便をしようと努力する。しかし、本当に出そうもないのに長時間座り続けるのは良くない。
2. 積極的に体操や水泳などの運動に心がけ、腹筋を鍛える。一見、腹筋は関係なさそうだが、 腹の筋肉の強化は排便の上で大切。腹部のマッサージも効果的。
3. 朝、起き抜けに冷たい水や牛乳を飲むのも良い。食物繊維を積極的にとり、一日３食を心がける。